Hola Patricio,
Gracias por su interés en mi trabajo con App Builder y por sus amables palabras. En primer lugar, acabo de probar el ejemplo Scanner y este compila como se espera utilizando Apache Cordova. En efecto, algunas veces es posible usar Adobe Phonegap, pero, mi recomendación es utilizar Apache Cordova por varias razones: está mejor integrado con App Builder, y, no tiene ninguna limitación en el número de proyectos ni ninguna otra.
En este hilo se trata el asunto de cómo instalar Apache Cordova. Personalmente, siempre enlazo también a este otro tutorial, que, muestra paso por paso cómo instalar Apache Cordova, el Android SDK, etc. Así que mi recomendación sobre este asunto es utilizar Apache Cordova en lugar de Phonegap. Pruebe usted a hacerlo, y, si encuentra cualquier problema, repórtelo aquí para intentar ayudarle.
Respecto del script PHP que está tratando usar, el problema (ciertamente, el depurador de App Builder no es capaz -todavía- de informar adecuadamente de esto) está en los permisos "CORS" para acceder a dicho "script" desde nuestra aplicación. Podrá verlo usted mismo si prueba a ejecutar su aplicación en Firefox, por ejemplo, echando un vistazo a la consola de desarrollador (F12).
Si se fija, en el ejemplo "Database", en el "script" "Initialize.php", puede encontrar el siguiente código al principio del todo:
Dicho código está habilitando los permisos "CORS" para que sea posible acceder a dicho "script" desde nuestras aplicaciones. Pienso que tal vez usted no esté usando el archivo "Initialize.php", de modo que, no está incluyendo el anterior código en su "script" PHP. Por favor, incluya dicho código en su "script". Una vez hecho eso no debería tener problema en utilizar el "script" en cuestión desde su aplicación.
De nuevo muchas gracias por su interés Patricio. Por favor, pruebe las posibles soluciones que le ofrezco en este mensaje y comente aquí si en efecto le sirven o si necesita más ayuda.